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La Commission sur le 11/9 et les médias ont accepté l’idée que les 4 avions du 11/9 étaient difficiles à suivre du fait que les pirates avaient éteint ou modifié les signaux des transpondeurs.

Le récit officiel veut que l’information radar ait été perdue pour 3 des 4 avions du 11-Septembre, après que les pirates de l’air aient pris le contrôle de leurs cockpits, ait manuellement éteint ces transpondeurs afin d’échapper à la détection et à l’interception par le système de défense aérienne des États-Unis.

Cette conclusion semble se baser uniquement sur des informations circonstancielles, à savoir, la simple perte du signal par l’Air Traffic Control (ATC).

Pourtant, à ce jour, la désactivation manuelle des transpondeurs n’a toujours pas pu être prouvée par l’ATC.

Le matin du 11 septembre 2001, les vols American 11, American 77, United 93 et United 175, ont été détournés par des pirates de l’air présents à bord, qui depuis les cockpits ont éteint les transpondeurs des 3 premiers avions, et changé le code transmis par celui du vol UA 175. [1]

La Commission du 11/9 a expliqué :

• « Le 11/9, les terroristes ont éteint les transpondeurs sur trois des quatre avions détournés. Même si les transpondeurs sont éteints, il est toujours possible, même si cela est beaucoup plus difficile, de suivre un appareil grâce à son signal radar primaire. Mais contrairement aux informations du transpondeur, le signal radar primaire ne contient pas l’identité ni l’altitude de l’avion. Les contrôleurs à terre s’en remettent totalement aux signaux des transpondeurs, au point qu’ils n’affichent pas les signaux radars primaires sur leurs écrans radars. Mais ils peuvent changer la configuration de leurs écrans de façon à visualiser les signaux radars primaires. Ils l’ont fait le 11/9, lorsque les signaux des transpondeurs des appareils ont disparu. » [2]
• « À 8 h 21, le vol American 11 a éteint son transpondeur, abaissant ainsi immédiatement le niveau d’information disponible pour cet appareil. Le contrôleur a signalé à son superviseur qu’il pensait que quelque chose de grave était arrivé à l’avion, mais aucun des deux ne soupçonnait un détournement. Le superviseur a demandé au contrôleur de suivre les procédures standards de suivi d’un appareil “sans signal radio” ». [3]
• « Les pirates de l’air ayant éteint les transpondeurs des avions, le personnel du NEADS a mis plusieurs minutes à rechercher sur leurs écrans leurs signaux primaires. Le vol American 11 a percuté la Tour Nord à 8 h 46. » [4]
• « À 8 h 51, le contrôleur a remarqué le changement de signal du transpondeur du vol United 175, et a essayé de contacter l’avion. Il n’a reçu aucune réponse. » [5]
• « À 8 h 54, l’avion American 77 a dévié de sa trajectoire normale, et s’est dirigé vers le sud. Deux minutes plus tard, le transpondeur a été éteint et même le signal radar primaire de l’avion a été perdu. » [6]
• « L’échec à retrouver le signal radar primaire du vol American 77 nous a poussés à investiguer plus avant sur ce point. La reconstruction des événements radars menée après le 11/9 montre que le système radar de la FAA a traqué le vol à partir du moment où son transpondeur s’est tu, à 8 h 56. » [7]
• « Sur le vol American 11, le signal du transpondeur s’est arrêté à 8 h 21 ; sur United 175, le code a été modifié à 8 h 47 ; sur American 77, le signal s’est tu à 8 h 56 ; et sur United 93, le transpondeur a été éteint à 9 h 41. » [8]

Les éléments factuels montrent que les changements d’état des transpondeurs sur les quatre avions le 11 septembre 2001 n’ont pas nécessairement été provoqués par les pirates de l’air :

• Le rapport de la Commission sur le 11/9 ne fournit aucune preuve que les pirates ont désactivé manuellement trois transpondeurs pour provoquer la perte des données ATC.
• Le rapport sur ces vols établi par le National Transportation Safety Board (NTSB) et la Federal Aviation Authority (FAA) ne comporte aucune référence aux raisons pour lesquelles les signaux de ces transpondeurs ont cessé.
• L’activité des transpondeurs ne figure pas parmi les paramètres obligatoires des enregistreurs de vol (boites noires) et ne peut donc pas être vérifiée par la lecture de ces enregistrements. [9]
• Le récit fait en 2001 par le Christian Science Monitor sur l’extinction des transpondeurs s’interrogeait :
  « Le transpondeur du vol American 11 s’est arrêté. Il n’envoyait plus d’impulsion radar … Les contrôleurs se sont alors mis à espérer qu’il s’agissait d’un simple problème électrique … L’aiguilleur du ciel émit l’hypothèse que le pirate de l’ait pouvait avoir délibérément désactivé le transpondeur de l’avion …  » [10]
• Lors de la disparition en 2014 du vol MH 370 de la Malaysian Arline, les articles de journaux ont négligé ce qui aurait dû être évident si les preuves de désactivation manuelles étaient disponibles. Par exemple :
  « Kit Darby, un pilote expérimenté, a déclaré mardi qu’il n’était pas évident que le transpondeur ait été éteint intentionnellement. » [11]

Aucune preuve n’a été fournie pour appuyer l’affirmation officielle selon laquelle les pirates de l’air ont manuellement désactivé ou modifié l’état des transpondeurs à bord des avions du 11/9.

À l’inverse, il existe un faisceau d’éléments remettant en cause la réalité de la présence des pirates de l’air à bord des avions. [12]

Par conséquent, les déclarations officielles concernant les transpondeurs ne peuvent pas être utilisées pour prouver que les pirates de l’air ont détourné les avions, ni même pour prouver leur présence à bord de ces appareils.